[问题] DNA 问题 zha0 PTT批踢踢实业坊

[问题] DNA 问题

楼主: zha0 (这个帐号是挂网用) 2016-06-26 14:49:55

我只有一个很简单的问题想请教 XD
但我不知 python 有什么 library 好用, 一直不想自己写,
因为觉得会有 library 可以直接做掉 .
如果我有 1,2,3,4…9 , 把他想成 TGAC 的排序组合,
然后有多串 TGGAGGCAATGGCGGCCAGCA, GACTCCTCCTCCTCCTGCTCA...
那我要怎么比出二串中所有一样的 sequence
感谢

作者: ccwang002 (亮) 2016-06-26 16:01:00

seqeunce alignment 不简单啊…我不懂是两串还是多串就两串而言，global 或 local alignment 用不同算法分别是 Needleman-Wunsch 及 Smith–WatermanPython 的话可以用 skbio.alignment 底下的功能不考虑 gap 的话，内建 difflib.SequenceMatcher 即可

作者: Neisseria (Neisseria) 2016-06-26 19:20:00

如果有很多序列，跑 BLAST 比较快，然后再慢慢过滤BLAST 可以下载程式，在本地端跑

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