小弟最近试着想用Perl写CGI来跑BLASTP
功能是想从网站上接收资料存成一个fasta档,来跟我建好的数据库跑Blastp,
但是跑到system指令的时候却没出现text.txt,不晓得是不是我漏了什么东西?
#!c:\perl64\bin\perl.exe
use CGI;
$q=CGI->new;
print "Content-type: text/html\n\n";
print "<HTML>\n<HEAD>\n<TITLE>Result</TITLE>\n<BODY>\n";
$sq=$q->param('SQ');
print $sq;
open FOUT, ">output.fasta";
print FOUT $sq;
close FOUT;
$blastp_cmd="blastp.exe -task blastp -query output.fasta -db AFP.fasta
-out text.txt";
system("$blastp_cmd");
open FP1,"<text.txt";
while(<FP1>)
{
print $_."\n";
}
close FP1;
print "</BODY>\n</HTML>";