Re: [菜单] 上限50K 实验室计算主机

楼主: touyalin (リラックマ 懒熊)   2016-08-16 19:03:05
※ 引述《powernba (蝶恋之风)》之铭言:
: 已买/未买/已付订金(元):未买
: 预算/用途:实验室计算主机-Gaussian09 on Linux
: CPU (中央处理器):Intel I7-5930K (Haswell-E)
: MB (主机板):华硕 X99-M WS
: RAM (内存):金士顿 16G DDR4-2133 Ecc Reg X4
: VGA (显示卡):影驰 Galax GT610 1GB(1G DDR3) (能显示就好,不强求)
: HDD (硬盘):WD 2TB (20EZRZ) 64M/5400转
: PSU (电源供应器):台达 550W 80+白金牌/全日系/LLC+DC-DC/五年保/二年
: CHASSIS (机壳):视博通 小尖兵 显卡长27/风扇高17/SSD*2/M-ATX
: http://www.coolpc.com.tw/tmp/1471338279115968.htm
: 总价 (未税/含税):49640元
: CPU (中央处理器):Intel Xeon E5-2620 V4【八核】2.1G(↑3.0G)/20M/无内显
: MB (主机板):华硕 X99-M WS(M-ATX/X99
: RAM (内存):金士顿 16G DDR4-2133 Ecc Reg X4
: VGA (显示卡):影驰 Galax GT610 1GB(1G DDR3) (能显示就好,不强求)
: HDD (硬盘):WD 2TB (20EZRZ) 64M/5400转
: PSU (电源供应器):Antec EDGE 550W 80+全模组金牌/全日系
: CHASSIS (机壳):视博通 小尖兵 显卡长27/风扇高17/SSD*2/M-ATX
: http://www.coolpc.com.tw/tmp/1471338831113053.htm
: 总价:44770元
: 大家好~
: 这次是实验室要买计算主机,这是我花一点时间去查benchmark所得到的菜单
: 比较让我在意的是主机板,不晓得有没有更好的选择@@?
: 至于显卡的话能看就好,装完Linux大概就不会在接萤幕了。
lab 主攻 CCSD(T) or 大体系 DFT 计算,
建议将 scratch file 放在 SSD (raid 0) 上,
可减少满多的 I/O 的时间
举个个人的例子, 在 128GB SSD x2 raid 0 的环境下,
以 b3lyp/6-31G** 计算 150 颗原子
(只有 CHNO, charge = 0, multiplicity = 2, 无金属原子)
freq 的计算大约是从 7 天 缩减成 3 天,
scratch file 的大小约 140 GB 左右
如果 lab 有架 pc cluster,
computing node OS 的硬盘用 500GB 足矣,
计算的 output file 靠 NFS 直接存在 head node 上
回到正题, i7-5930k 不支援 ECC ram,
而且我记得 gaussian 的平行化效率并不好,
个人认为 i7-5930k + non-ECC ram + SSD (raid 0) 可以搾出最大 CP 值
至于原po问的主机板, 我觉得最便宜可以用就好了 XD
gaussian 计算瓶颈不在主机板上
题外话,
1. 编译 gaussian 建议用 intel fortan complier + intel MKL,
比 gcc 编出来的版本, 跑 job 的效率最多可以快 1.5 倍
2. 管理/监控 lab 的 PC cluster 可以用 Nagios + cacti + telegram-cli,
computing node 发生问题可在第一时间发送 alert 至手机,
当然, job 完成时也可以透过 telegram 发送通知
以上个人小小心得分享
作者: WestDoor0204 (路人乙)   2016-08-16 19:34:00
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