可以先用Autorun检查一下开机执行的程式
Autorun网址：http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb963902
你可以把可疑的程式勾勾去掉，然后重开机看看是否正常
看trace是.net的程式，如果找出来了建议你也把它设定为不要开机执行，因为.net的footprint相当大，你开机大概很慢吧
如果有防毒软件的话，防毒软件会拦截硬盘读取，所以整体会更慢，但是主因不是防毒软件，是.net的东西要从硬盘拿到内存很久。
看trace是Win7SP1所以如果上述方法找不出是什么程式的话可以用xperf
一个参考的连结是 http://blogs.msdn.com/b/ntdebugging/archive/2008/04/03/windows-performance-toolkit-xperf.aspx
xperf是从Vista就有的工具，但是似乎除了微软相关部门以外不多人知道它
很好用但是不好学，不是三言两语说的完的...
基本概念就是下指令让它开机执行，抓开机以后10分钟或5分钟之内所有CPU和硬盘的活动，然后判断出是哪一只程式。
希望有帮助。