Hi学弟你好，我是北科材料系毕业的。
基本上机械系的课程比材料系重视数学，各种力学会需要各种数学工具。
材料系则重视化学及微观结构(奈米科学)。
由于现在的半导体的尺度都在奈米级了，因此材料系的毕业生很多去了半导体业。
机械系是工业之母，自然就业的广度比材料系高。
我自己是材料学硕，对各种化学实验以及材料检测有些了解，毕业后去雷射厂做雷射加工应用，学了一些光学，CAD和CNC G-code，后来跳到半导体业，学到了用matlab做数据处理，专案管理还有风险管理(比较方法论的东西了，但是很实用)。
由于我的经历算是两个科系的专业都有涉略，各自的专长我算是很了解。
机械系擅长模拟(热，力，电等)以及制造，设计。我很佩服我的机械同事们模拟的能力，我也也从他们身上学到很多GD&T的知识。
相对的，我们材料系专业的对各种检测方式，如电子显微镜及各种光谱学都算熟悉。
孰高孰低我就不多加评论了，我毕竟没在台湾工作过。我觉得最重要的是能持续去学习新的知识和能力，尤其现在常常需要的是跨领域的职能。有机会的话，可以出国念个硕博(看你ID好像有美国身份？)，美国的产业对这两个系的需求感觉是又比台湾更广了。