我先前的第二个renewcommand少打了一个i。
总之，不管有没有用enumerate package，都没影响才是。
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\documentclass[]{IEEEtran}
\begin{document}
\renewcommand{\labelenumi}{\arabic{enumi})} % 重新定义数字清单第一层样式
\renewcommand{\labelenumii}{\Alph{enumii})} % 重新定义数字清单第二层样式
\renewcommand{\theenumi}{\arabic{enumi}} % 重新定义呼叫数字清单第一层样式
\renewcommand{\theenumii}{)\Alph{enumii}} % 重新定义呼叫数字清单第二层样式
\begin{enumerate}
\item\label{A1} asdf
\item\label{A2} asdf
\begin{enumerate}
\item\label{A3} asdf
\item\label{A4} asdf
\end{enumerate}
\item\label{A5} asdf
\end{enumerate}
\vspace{5ex}
\ref{A1}\quad \ref{A2}\quad \ref{A3}\quad \ref{A4}\quad \ref{A5}
% 得到 1 2 2)A 2)B 3
\end{document}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\documentclass[]{IEEEtran}
\usepackage{enumerate}
\begin{document}
\renewcommand{\labelenumi}{\arabic{enumi})} % 重新定义数字清单第一层样式
\renewcommand{\labelenumii}{\Alph{enumii})} % 重新定义数字清单第二层样式
\renewcommand{\theenumi}{\arabic{enumi}} % 重新定义呼叫数字清单第一层样式
\renewcommand{\theenumii}{)\Alph{enumii}} % 重新定义呼叫数字清单第二层样式
\begin{enumerate}
\item\label{A1} asdf
\item\label{A2} asdf
\begin{enumerate}
\item\label{A3} asdf
\item\label{A4} asdf
\end{enumerate}
\item\label{A5} asdf
\end{enumerate}
\vspace{5ex}
\ref{A1}\quad \ref{A2}\quad \ref{A3}\quad \ref{A4}\quad \ref{A5}
% 得到 1 2 2)A 2)B 3
\end{document}
※ 引述《cholauda (cholauda)》之铭言：
: 感谢大大帮忙，小弟尝试过后得到以下结果：
: - 使用\usepackage{enumerate}，那\ref结果不变，仍是"Aa"
: - 不用\usepackage{enumerate}，会影响到第二层，也就是会变成都是同一个英文字母
: 1...
: A....
: A....
: 2.
: B....
: B....
: 恳请解惑，感激不尽
: ※ 引述《andrew43 (讨厌有好心推文后删文者)》之铭言：
: : 不确定有没有什么副作用，但原则上是要重新定义
: : \labelenumi
: : \labelenumii
: : \theenumi
: : \theenumii
: : 见以下完整例子
: : %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
: : \documentclass[]{IEEEtran}
: : \begin{document}
: : \renewcommand{\labelenumi}{\arabic{enumi})} % 重新定义数字清单第一层样式
: : \renewcommand{\labelenumii}{\Alph{enumi})} % 重新定义数字清单第二层样式
: : \renewcommand{\theenumi}{\arabic{enumi}} % 重新定义呼叫数字清单第一层样式
: : \renewcommand{\theenumii}{)\Alph{enumii}} % 重新定义呼叫数字清单第二层样式
: : \begin{enumerate}
: : \item\label{A} aaa
: : \begin{enumerate}
: : \item\label{Aa} bbb
: : \end{enumerate}
: : \end{enumerate}
: : \vspace{5ex}
: : \ref{A}
: : \vspace{5ex}
: : \ref{Aa}
: : \end{document}l
: : %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
: : 这和 IEEEtran 也没什么关系，latex应该都通用。