问题已解决，但还是想分享一下过程。
如果有人遇到相同问题也可以试试看。
今天加购行李时候，从mail行程表直接连结进入更改。
发生加购金额与未付金额不符合。
30KG→40KG 每件增加 1400円 两件 2800円
加买明细http://imgur.com/p9dA1KD
未付金额居然是4300
但照着上面明细加总居然总金额没错....囧
打电话问客服以后，先确认虽然机场税有调涨，但加购不会重计。
另外刷卡手续费也只收一次，加购行李不会加收。
客服无法回答为何未付金额会提高。
不过提出替代方案 直接电话加购，变成一件1600 X2 = 3200円 (是也比4300划算)
或是从澳洲捷星网页进入重新加购看看(更换语系)。
当然先选择后者试试，
从澳洲捷星网页登入后 https://booknow.jetstar.com/retrievebooking.aspx
就很正常的以 2800円 结帐成功。
后来跟原本的收据比对明细，发现差别是在于从mail连结登入的画面
把原始行李直接计算为 8000円 (但实际原本行李是5200円)
加总时候没有加上原有的刷卡服务费 1300円 而是直接加上追加的2800円 - 原支付总额
所以产生了 1500円的价差。
简单说就是mail行程表进入的追加画面中重新累计部分
追加行李的 2800円 被算了两次，然后没算初次的刷卡服务费。
附上原本购买的收据 http://imgur.com/3CnyscL
在此提醒大家加买的时候要小心啊 !!!
加买是不会重算机场税，也不会再收一次刷卡服务费的。
ps-澳洲捷星网页连结 输入订单单号与MAIL进入后，跟直接点选MAIL行程表进入后的画面
虽都是日文但版面完全不同啊!