个人经验谈，我去过的日本各地几乎都会去2次，基本上我都采取：
1.第一次跟团
2.第二次自助
跟团和自助优缺点这边就不分析了，第一次跟团原因在于享受一切
都不需要自己来的悠闲，游览车停车就开始逛。个人认为跟团最大好处
是交通优势，也因为交通优势所以能看的点比较多（排除自助那种赶行程安排）
当看的点比较多了，第二次我就会选择自助，从上一次跟团中景点
选择自己想去的（古蹟大自然），排除那种鸡肋的（购物），
增加那种较少台湾人去的（中部山岳阿尔卑斯）。可以更深入、
更自由的安排时间地点。
我本身的喜好是摄影，举跟团两个例子：
有一次我跟的是关西团，某天早上有两个点，第二个点是平安神宫，
去过都知道平安神宫广场大的很，不巧因为是第二个点，抵达时间是
11点左右，这时间太阳之毒辣、光线高反差...拍照也不是参观旅游也不是。
还有一次是早上6点导游就把我们挖起来，驱车前往上高地地区，
一路上干的要死呵欠连连，但一抵达...依然是干的要死，但干的是
导游你怎么不5点就把我挖起来，这地方这时间光线实在是太赞了。
但最后依然还是干的要死，因为大正池 - 河童桥导游只给我们2个小时。
由以上个人经验（当然还有其他很多）...我知道某些点适合某些时间去，
以我个人而言，跟团是为了下次自助的提前场勘，真正的目的是自助。
当然也要看地点，像欧美许多地方，我预定这辈子大概只会去一次。
如法国...算了我完全不懂法文（传说法国人有法文优越感） → 跟团
如德国...喔我实在是太喜欢国王湖了（想在这边停留将近一天）→ 自助
上面例子完全偏向自由心证及各人喜好，个人有各人看法，总结一下我个人
大概就是以下面几个观点取决跟团还是自助：
勇气 > 国家（含交通治安卫生等） > 预算 > 是否再次前往
给你当参考