其实在阿扁时期第二任，因为319枪击案的导火线，行政跟立法也对立严重，当时以国民党、亲民党多数的立法院就很常报复，甚至不听大法官的决定。
举两个例子，一个是2005年的释字601，一个是2007年的释字632。
因为319枪击案，立法院想要发展“调查权”，在2004年通过319真调会条例，大法官在2004年做出释字585，认为319真调会条例违宪，然后立法院国民党跟亲民党非常不满，于是就报复，在预算审议时砍了大法官的薪水。后来民进党立委提起释宪（柯建铭领衔），大法官认为砍薪水这个违宪，做出释字601解释。
20年后，释字585竟然成为国民党跟民众党背书国会调查权的理由，真是魔幻写实。
第二个例子是2007年的释字632，这个案子是因为2005年1月，当时的监察委员任期届满，陈水扁向立法院提名新的监察委员，但是国民党亲民党多数的立法院就程序性不审，然后使得旧的一任监委卸任后，没有新的监委可以上任。后来民进党立委提起释宪（赖清德领衔），大法官做出释字632认为立法院迟迟不审监察院人事同意案是违宪的，但国亲为多数的立法院并没有遵守大法官的决定，后来直到马英九上任，2008年重新提监委人选，监察院才有监委。从2005年1月到2008年8月，长达三年半，监察院没有监委。当时印象中有个新闻，王建煊上任监察院长后，觉得监察院荒밊o许久，民进党的巴纽案没人查之类的，还不是因为国亲不审监察院人事案。
回到标题，立法院不理司法院的决定会怎么样？严重违宪，严重违反权力分立，打击司法公信力。甚至也会影响大法官，让大法官在做决定时考虑立法院会不会照做，进而影响独立性。虽然说的很严重，但一两件违反也不是第一次，但如果长期大量违反，整个权力分立体制可能就要垮了。
话说20年后，依然是释字585跟国会调查权、依然是柯建铭赖清德，依然是监察院，历史真有趣。
※ 引述《oscarwu3041 (小羽毛)》之铭言：
: 是这样的
: 如果大法官判断国会扩权法案全部违宪
: 自判决日起立即失效
: 这样蓝白在立法院里面
: 可以主张大法官乱解释立法意旨 我们不认
: 照样传民间人士来
: 然后判公务员藐视国会吗？
: 还是说会整部一模一样的法案
: 再来一次保留送院会、二读、三读吗？
: 因为我看目前的法律
: 也没有说不甩大法官的判决会怎样？