菲律宾未在期限内完全答应四项要求，马政府于5月15日上午启动第一波“三项反制”
一、提出终止菲律宾外劳来台之申请。
二、召回中华民国驻菲律宾代表。
三、要求菲律宾驻台代表返回菲律宾继续处理本案。
马政府认为菲国政府、诚意不够、反复不定，因此于15日晚间启动第二波反制措施。
一、将菲律宾之旅游灯号转为“红色”，不鼓励台湾人民至菲律宾旅游及洽公。
二、停止台菲双方高层交流及互动，包含WHO两国部长级会议。
三、停止台菲经贸交流、推广以及招商活动。
四、停止台菲农渔业合作事项。
五、停止双方科技研究交流与合作计画，中华民国国科会停止5项台菲合作计画。
六、停止台菲航权谈判。
七、停止菲籍人士适用“东南亚五国人民来台先行上网查核”免签证措施。
八、中华民国国防部与海岸巡防署在南海相关海域进行海上联合操演。