总统：陈水扁
张俊雄（2000年5月20日－2000年7月28日）
游锡堃（2000年7月28日－2002年2月1日）
陈师孟（2002年2月1日－2003年2月5日）
邱义仁（2003年2月6日－2004年5月20日）
苏贞昌（2004年5月20日－2005年1月31日）
游锡堃（再任，2005年2月1日－2005年12月15日）
马永成（代理，2005年12月15日－2006年1月25日）
陈唐山（2006年1月25日－2007年2月6日）
邱义仁（再任，2007年2月6日－2007年5月20日）
卓荣泰（代理，2007年5月21日－2007年8月19日）
叶菊兰（2007年8月20日－2008年3月26日）
陈唐山（再任，2008年3月27日－2008年5月20日）
扁潮的总府府秘书长一览
8年换12人 厉害 不愧是我大阿扁