※ 引述《ceramicfa (ceramicfa)》之铭言：
: 原本第一集说锡安是真实的世界 人类最后的净土
: 可是第二集又变成尼欧在锡安也有超能力 所以锡安也是电脑程式吗
: 那个造物主也是电脑程式吗
: 那么人类不就永远都只能当电脑的燃料了
锡安不是电脑程式，是真实存在的没错
但锡安的存在是电脑设计的一环
目的是为了增加母体虚拟程式的稳定性
简单的来说，经过几次的实验之后
电脑终于成功让大部分的人类
可以在母体内稳定下来
但还是有少数的人类，可能是天生敏锐
或是天赋异禀之类的随便
总之，这群人就是会发觉自己处于虚拟世界
因而造成母体的不稳定
所以电脑选择让这些人解放离开母体
才建立锡安这个地方安置这些人
而锡安已经重启五次
这在尼欧跟电脑之父对话中得知
电脑之父说尼欧已经来了五次
他需要做出选择
要麻锡安毁灭，要麻就是母体毁灭人类灭亡
而尼欧第六次选择了让母体毁灭
但因为第三集吧啦吧啦那样演
最后天空放晴彩虹出现电脑人类大和解
史密斯哭哭这样