无直接证据。例如查无相关指纹及破坏铁轨的物证，或监视器拍到谁在搞轨。
当时李双全夫妇和李泰安也在火车上，出轨时三人在现场有电视画面为证。李双全夫妇监视器有拍到进入车站，但检方当时认为李泰安是后来先开车过去搞轨的，然后事故后再出现在现场(因为出轨之铁轨常有火车通过，要先算好李双全夫妇的火车刚好会于此时通过，才能事前进行搞轨)，但调查沿途监视器却没拍到李泰安本人及车牌。况且假如为了保险金而搞轨杀人，那么谋杀者也将有死亡风险，搞轨计算之精准，令人惊叹，任何方面含火车速度、出轨铁轨之角度、现场树木及山坡都会影响翻覆的车厢。一列火车令其出轨时，已经事先计算好第几节车厢会翻覆，而谋杀者却
能没事，因为有可能也会发生自己的车厢翻覆而死亡，但谋杀对象的车厢却没事，也就是自己也会身陷于不特定杀人事故之中而死亡。有人形容是电影《绝命追杀令》的翻版情节。
严重依赖污点证人黄福来的证词（实际上台湾并无污点证人制度，只是借用国外制度来形容），仅一人自白的证词不能当直接证据。
法医与其他医疗机构对陈氏红琛的死因达成不同结论，有关抽血检验毒药的部分，曾多次翻案为不同毒药或到底是不是毒药而始终不一，且并无直接证据拍到陈氏红琛住院期间被下药杀死。甚至于2013年12月17日，检察官更一审曾说“诚实跟审判长报告，我们没有验出任何毒物”。
在没有人证(没有人看到谁在搞轨，仅依赖黄福来的自白证词。如同某甲指某乙杀人，某乙难道就因此被定罪?但此案确实如此)、物证(查无相关指纹及破坏铁轨的物证，或监视器拍到谁在下药、谁在搞轨，尤其是下药部分，完全是检察官臆测)的情况下被定谳。
台湾已经经历过江国庆军中冤死案件(一错再错、将错就错)及妈妈嘴事件(吕炳宏一开始被谢依涵诬陷为凶手)，南回搞轨事件有可能成为日后翻案的对象。