南瑶宫在台湾的历史上有很重要的地位，
有个挂是，南瑶宫的进香活动差点引发台湾第四大民变
事情发生在同治年间
当时雾峰林家家长林文察战死在中国，他的弟弟林文明接任家长大位
趁著平定戴潮春事件有功劳而趁机大肆扩充许多田产得罪非常多人
因此许多地方势力不断投诉朝廷，朝廷也意识到林家可能是一大祸患必须除掉，
而终于有一天让官府找到机会下手
彰化南瑶宫当时每年往笨港进香，当时人数已经达到数万人的高峰
是全台湾规模最庞大的进香团
官府其实先前就明文禁止进香活动，但实际上无法阻止，所以都采放任状态
这年林文明担任主办进香的大总理，官府先是偷偷的调兵遣将到林家势力范围部属
接着派人到南瑶宫将妈祖神像请到开化寺藏起来，
进香当天信徒到庙里找不到神像十分着急，
官府并宣布禁止南下进香要众人解散
因为林文明有官员身分，信徒就请求林文明前往衙门交涉，
殊不知这一切都在凌定国的计算当中
隔日林文明带领四人到了衙门见凌定国谈判，
当林文明一走进衙门，大门立刻被躲在暗处的关上
凌定国直接斥责林文明的罪状，霸占他人产业并聚众闹事。
命令埋伏的刀斧手当场格杀。
当时仅有一人逃过一劫，立刻奔回林家通报，并且打算武力抗官
但林文明的母亲了解到这是个局，再怎么样都要吞下去，
如果当时林家造反，先前布下的重兵就能立刻消灭林家势力。
最后整个事件以缠讼十几年的京控案收场。
南瑶宫进香也因为这事件中断到日治时期才再度恢复。
这个事件对于笨港史的重点在，
整个过程中官府的文书与报告皆称南瑶宫的进香目的地是北港。