(一) 文学院
有同名+分支
历史学系暨研究所
艺术史研究所：前身为历史学研究所中国艺术史组，应属历史系所
无法界定：
语言学研究所
音乐学研究所
台湾文学研究所
(二) 理学院
有同名+分支：
物理学系暨研究所
天文物理研究所：由物理系推动计划设定，应属物理系所
海洋研究所：无法界定
(三) 社科院
有同名+分支：
政治学系
经济学系
社会学系
社会工作学系
公共事务研究所：前身为政治所公行组 应属政治系所
无法界定:
国家发展研究所
新闻研究所
(四) 医学院
有同名+分支：
药学系暨研究所
临床药学研究所：由药学研究所医院药学组而来，可归属于药学系所
皆属医学系的研究所（医学系没有研究所）：
临床医学研究所：支援临床医学研究而设立，可归属于医学系
毒理学研究所 ：无法界定 (医学系)
分子医学研究所：无法界定 (医学系)
免疫学研究所 ：无法界定 (医学系)
解剖学暨细胞生物学研究所：无法界定 (医学系)
生物化学暨分子生物学研究所：无法界定 (医学系)
生理学研究所 ：无法界定 (医学系)
微生物学研究所：无法界定 (医学系)
药理学研究所 ：无法界定 (医学系)
病理学研究所 ：无法界定 (医学系)
法医学研究所 ：无法界定 (医学系)
肿瘤医学研究所：无法界定 (医学系)
临床基因医学研究所：无法界定 (医学系)
附注： 医学院之研究所无法界定的原因
来自于这些研究所皆是源自于医院中的学科而设立
可归属于医学系
(五) 工学院
土木系工程学系暨研究所
环境工程学研究所：原为土木研究所之卫生工程组，应属于土木系所
建筑与城乡研究所：原为土木研究所设都市计划组，应属于土木系所
化学工程学系暨研究所
高分子科学与工程学研究所：由化工系争取成立，应属于化工系所
无法界定：
应用力学研究所
工业工程学研究所
医学工程研究所
(六) 电资院
有同名+分支：
资训工程学系暨研究所
资讯网络与多媒体研究所：由资工系通讯与多媒体实验室分出，应属于资讯系所
电机工程学系暨研究所
光电工程学研究所：原为电机所组，应属于电机系所
电信工程学研究所：原为电机所电波、通信等组，应属于电机系所
电子工程学研究所：原为电机所ICS、EDA等组，应属于电机系所
生医电子与资讯学研究所：原为电机所生医组，应属于电机系所
(七) 牙医专业学院（没有同名研究所）
没问题部份： 牙医学系
临床牙医学研究所：由牙医系争取设定，原名为牙医科学所，应属于牙医系
口腔生物科学研究所：由牙医科学所分出，应属于牙医系
(八) 生命科学院（皆无同名研究所）
没问题部份： 生命科学系 生化科技学系
动物学研究所：原为动物系(生科系前身)之研究所，应属于生科系
植物科学研究所：原为植物系(生科系前身)之研究所，应属于生科系
分子与细胞生物学研究所：未注明清楚，但依该院规划应属于生科系
生态学与演化生物学研究所：同上，应属于生科系
渔业科学研究所：原为动物所之渔生组，应属于生科系
生化科学研究所：未注明清楚，但依该院规划应属于生技系
微生物与生化学研究所：源自农化系->生化科技系，应属于生技系
附注：http://cell.lifescience.ntu.edu.tw/index.htm 右方表格图示分类
(九) 生物资源暨农学院
无法界定：
食品科技研究所
生物科技研究所
(十) 兽医专业学院
有同名+分支：
兽医学系暨研究所
临床动物医学研究所：由兽医研究所临床组而来，应属于兽医系所
(十一)公卫学院（无同名研究所）
没问题部份： 公共卫生学系
卫生政策与管理研究所：原为公卫所，应属于公卫系
职业医学与工业卫生研究所：原公卫所职业医学与工业卫生组，应属于公卫系
医疗机构管理研究所：原为公卫所医院管理组，应属于公卫系
流行病学研究所：原为公卫所流行病学组，应属于公卫系
环境卫生研究所：原为公卫所环境卫生组，应属于公卫系
预防医学研究所：原为公卫所预防医学组，应属于公卫系
附注：多个组为公卫所分出为流病所，后又各自分出，但皆出于公卫系
(十二) 法律学院
没问题部份： 法律学系
科际整合法律学研究所： 应属于法律系
(十三) 管理学院
商学研究所：和工商管理系皆由商学系而来，应归属于工商管理系