追记2:
刚才又回忆了一下以前处理执行档当掉的经验
又看了一下官网提供的下载压缩档，是不含ini档的
想到现在的情况毕竟是旧版拿新版的ini档来用
可能会有不相容当机甚至蓝白画面的隐患
就决定试试以下做法
这次把覆蓋的两个ini档备份后移出旧版主程式资料夹
然后直接执行主程式做好设定再关闭
不但顺利关闭之后也自动生成了两个必要的ini档
观察正常后就可删除备份的ini档了
这下连观察期也不需要了，这应该才是最正确的做法
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追记:
后来发现主程式资料夹内的Setting.ini及SSF.ini内容完全是空白的
我便去下载最新的012_beta_R4版，确定了能正常执行后
将最新版的同档案复制给旧版的SSF用，原内容空白的档直接覆蓋
然后旧版的SSF就能正常关闭了，到这里终于能确定标题的问题的答案
就是否定的，实际情况应该是因为SSF和WinCDEMU发生了不相容
不知为何的情况下将两个设定档的内容洗白了
才会有重开机后发生的怪现象
现在看起来已经没什么问题的样子，但仍然做个记录
留待以后观察
顺便补充一下，在之前发的连结中
有个让SSF不用撘配虚拟光盘的软件
叫CHDSSF，用了它再撘配CHDMAN这个软件制作的CHD档
就可让SSF直读由映像档做成的CHD档了
在SSF中的设定法和撘配虚拟光盘时的设定法相同
只是这种做法好像很费硬盘空间
(映像档占一次空间，CHD再占一次
除非确定SS EMU只用SSF且只用直读，不然一般而言映像档都会保留吧?)
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电脑为WIN7 64bit
在不知SSF(011 alpha r4版)对WinCDEMU不相容的情况下让WinCDEMU加载了映像档
(http://emulation.gametechwiki.com/index.php/SSF )
在SSF中设定了光驱位置后
重开SSF结果就看到了很久没看到的蓝白画面
摸摸鼻子重开电脑后
发现SSF变的无法储存设定了，做完设定后
只要选档案->关闭或按视窗右上角的X都会使SSF当掉
甚至只是打开程式但不做设定，直接关也会当掉
想请问一下虚拟光盘软件会造成SSF执行档损坏吗?
或是这种现象是有办法修复的?谢谢回复
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另外想到，如果修不了而新版又能正常执行的话
是否搬移StateSave资料夹及InternalBackupRAM.bin
就等于搬移了游戏记录?