第二季开场的单元几乎都是最知名的个案－Roswell跟51区，外加Hopkinsville。
虽然Hynek很想要深究真相，但是为了长久之计－保住PBB的工作好接触到机密资料，所以
Hynek与Quinn只能伺机行动，在有遵守指示办案，两边不得罪的情况下，查出事件真相。
在最有名的Roswell事件中，原来Harding就是第一次发生UFO坠落事件的处理者。
当时最后是以高空气象侦测热气球坠落结案。
然Hynek与Quinn发现或许真有其事，因为军方收买了当时的目击证人，迅速的把情况压制
下来。
不过里面却有急欲让世人都知道真正经过，不愿意接受军方收买的证人，因此又搬演了一
次UFO坠落事件。
因为这个恶作剧插曲，才让Hynek与Quinn得知相当多的内情，包括Harding是如何用威逼利
诱方式压制相关人等，除了收买，也有被屈打成招的。
再者，原来一共有两处坠机地点，众所周知的只有第一处现场，但是在第二处现场才发生
过更多扑朔迷离的事件，包括...相对完整的机体、幸存的外星人...以及最著名的外星人
解剖 (与伪纪录片)的始末。
因为Hynek与Quinn发现了一名当时担任周边警戒的村民，那位老兄表示自己当时开枪打死
了一个逃出残骸的外星人，怕惹事，所以埋在自家附近的大树下。
Hynek与Quinn还真在那处地点找到了东西。
而另一个第二处现场的目击证人则表示自己握有当时解剖的影片，还想利用自己被要求上
电视说明的机会，将那段影片公诸大众。
不过，关于影片的部分结果发现是一场骗局，或者该说是......
影片是以目击者的回忆制作拍摄出的戏说外星人解剖，也就是虽有所本的伪造影片。
总之，Hynek与Quinn已经尽力查出真相，只是这个真相是虚实交错的。
而为了社会民心安定，因此两人依旧得要遵守规定，不能让虚构的部分外流而造成恐慌。
但到了51区时，问题就没那么简单了。因为...
这里出现了政争的元素－军方与新成立的情报机构，也就是CIA间的权力倾轧。
以Harding及Valentine为首的军方不愿意大权被新成立的机构中情局分走焦点与资源，因
此想要利用PBB的相关资料来继续让新总统了解军方的重要性。
而此回疑似外星绑架案的事发地点刚好就发生在到处都是各机关秘密基地的Groom Lake。
可以说是CIA与空军两方在该处各据山头，又各怀鬼胎。
但因为事发地点归CIA管，因此Hynek与Quinn得以进入CIA的51区，并发现真是所谓的UFO
所致，被害人(或动物)也真看似被当作某种实验品，而非遭人谋杀。
只是所谓的UFO却可能是美军或是CIA所研发中的新式飞行器。
甚至Quinn在夜间训练，还有与Hynek共同调查UFO目击事件时的遭遇，就是碰巧撞见了这些
飞行器的出来试飞的结果。
可以说，Hynek与Quinn发现了部份所谓的目击事件根本是自导自演的证据，但为了争夺资
源与权谋，倒楣的小军官Willingham最后被迫承认谋杀下属大兵。
然而最后却安插了一段Harding也有良心发现去告解的段落，从他告解的内容可知他承认了
确实人外有人、天外有天的部分。
但也证明了那些奇特的新式飞行器就是参考历年所寻获的“外来”科技研发的结果。
而Hynek与Quinn则...差点让人以为两人也成为人造UFO的牺牲者。
所幸只是被抓去骂一顿而已。
不过这回造访51区让两人认识了一名CIA中的代表－Daniel Banks。
尽管CIA与空军高层争夺得厉害，但是Banks却对Quinn与Hynek两人颇为友善，在最大的范
围内与两人分享可以分享的机密。
而这三人又在Hopkinsville事件再度碰头。
所谓的Hopkinville事件，就是著名的Little Green Monster登场的一则故事。
也就是外星人最为人知的一种样貌的来由。
镇民Shoemaker一家在乡间小木屋过夜时，一家之主Jimmy目睹UFO飞越后，一家人就受到不
明生物的袭击。
因为一阵枪林弹雨，最后引来当地警方还有许多媒体的关注，也让Hynek与Quinn两人大半
夜的接获命令出发查案。
其实这起案件算是救了Quinn一命，因为Susie被组织威胁，要求她协助绑架Quinn，好逼出
更多有关美国空军内的机密。
不过却害惨了Susie，被认为抗命而遭受威胁与处分，还好Susie命硬又足智多谋，所以反
过来用处理掉Daria投效美方的另一半来牵制并保护自己的小女儿。
因为这个小绿人，也让Banks再度出现，并且让Hynek与Quinn两人得知了CIA的一个令人略
感不可思议的秘密计画－MK Ultra。
CIA找来一堆有特异功能的人士，进行所谓的预言与人类超能开发的秘密计画。
Banks是透过里面一个号称有强预知能力的女子Rebecca的画作指出Quinn与Hynek是阻止
【外星人大举入侵地球】事件的关键人物，唯有这两人能阻止这场【浩劫】的发生。
不过，Rebecca表示只能有Quinn在场，因为Hynek会“阻挡、影响”她的能力发挥。
但Hynek很快的就悟出整件事情都是相由心生效应所致－
(此外还加上Mimi不服气在聚会时被呛，决定要带着友人Evan去当地自主调查)
首先，Quinn会觉得那些乱描乱画的线条图案像是世界大战，都是因为他个人经历。
而整个Hopkinsville事件也充满了类似的感觉。
再者，在Shoemaker家小木屋附近找到的绿色“血手印”的血只是一种常见的商用颜料。
Shoemaker又是马戏班的幕后工作人员，而该马戏班也才订购了不少。
邪恶小绿人与血手印是利用受训的猴子加上戏服跟染料制造出的效果，Shoemaker本人很
希望能靠着这场骗局，以入侵事件当事人的名号，加入大团Ringling。
其实这部分的真相调查，Hynek夫人Mimi才真的厉害，她从镇民对于Shoemaker一家的评价
(诈包家族)及态度，早猜出了整起事件是个大骗局。
只不过，Mimi不知道CIA与空军斗得火热的内幕，所以没查觉最重要的一点－
Rebecca所预知的毁灭性的【大规模入侵事件】是空军借由Shoemaker的骗局起舞，想要
展演一场规模浩大的UFO入侵地球事件，让总统从此对空军更加重视。
相对的，就对于Rebecca参与，隶属于新成立的CIA与旗下的MK Ultra计画很有“毁灭性”
的效果。
最终，Hynek与Quinn破了案，却也毁了Harding与Valentine两人的大计。
只是...Hynek在得知有MK Ultra计画后，突然对神祕的老友－西装男The Fixer的身分好奇
，去探问Banks计画中有无这号人物，似乎给自己找了麻烦。
而Hynek也感觉出Banks也非表面看来如此友好，虽然看似分享了不少机密，但可能也是有
其他打算，只是用示好来博取好感罢了。因此对Banks还是应该要提防。
因为政争，似乎让PBB的故事的发展出现了更加复杂元素，也让置身其中的Quinn与Hynek
面对了更多难题与挑战，追查真相似乎随时可能给自己带来危险。
但基本上各种发展还是颇有趣且令人期待。