1. **深 v.s. 广**
沉船是垂直的深，洞穴则是水平的深。
深的沉船保存的会比较好，可免于海浪和风暴的侵扰，同时也限制了游客的探访而更有探险的感觉。例如位在斯里蓝卡的二战航空母舰沉船 HMS Hermes 的深度约在 50m，这就限制了一般休闲潜水员的探访。
洞穴虽然可能不深，但长度有可能非常地长，并且有很多分岔路，就像在玩RPG游戏走迷宫一样。像墨西哥的 Cenote 的深度就普遍不深。
2. **减压 v.s. 导航**
沉船下深就得非常严肃地考虑氮醉问题、用气量问题、氧中毒问题。因为进封闭环境很考验心理素质，因此更要管理好氮醉问题。另外如果有紧急状况，即使成功从沉船中撤出，也有可能因为已经需要做减压停留，头顶上有“虚拟的天花板”，限制了你直接回水面，因此沉船主要考验下深以后上来的能力。
洞穴则更为考验导航的能力，和用气管理，因此布绳的能力，还有从分支路线回主路线的能力等等都很关键。
要探索沉船，有两种方式，你可以下很多次去熟悉沉船，就像玩超级玛莉一样，要过一关可以一直尝试错误，然后越来越熟悉关卡所设下的障碍后，你每一次再生都会把可以到达的地方再更往前推进一点，最后就破关了。但这样的方式要下很多次，且能见度不好时或是沉船内部塌陷改变景观时，也可能会让你迷路，因此后来穿越沉船也应用了洞穴潜水的布线技术。
3. **Stage 难易度**
洞穴因为有地方可以放 Stage 瓶，且比较不需要像沉船那样在水中间做减压停留，因此比较不需要像沉船潜水一样把气瓶都一次挂在身上，可以做所谓的 set-up 潜水。
4. **海水 v.s. 淡水**
通常沉船在海水，洞穴是充满淡水，但也有淡水湖里的沉船和海蚀洞或是淡水混合海水的洞穴。因为在淡水浮力比较小，因此去探淡水洞可以不需要那么多配重。
5. **潮汐 v.s. 泉水**
海中的沉船因为在海里，就容易受潮汐影响，能探访的时间就会受到限制。
洞穴则是有泉水或是地下河，有可能会有湍流。
6. **多个出口 v.s. 一个出口**
因为沉船可能有多个出口，因此把 stage 瓶放在船的某处，怕找不到或不是按原路回去就又得绕回原入口去取，因此沉船潜水员倾向把气瓶都挂在身上。
洞穴的话通常只有一个主要的出口，然后寻原路找回放好的 stage 瓶找到回去的路
洞穴通常主绳是永久架设好的，而沉船则是每次潜水都要自己拉绳。
7. **人为 v.s. 自然**
沉船因为是人造的，因此当地有没有沉船潜水的条件端看海床的深度和历史人文。好的沉船潜点通常会是世界大战的战区，例如太平洋战争的海军基地，就会比一般的沉没不久的渔船和商船更有看头。
洞穴则得有地质条件，例如北佛罗里达、墨西哥尤加敦半岛等。
也因为沉船是人工的，通常会比洞穴的结构较为不稳定，例如船体结构锈蚀塌陷等等。洞穴当然也会有侵蚀崩塌的可能，但时间尺度上要比沉船更久，也就是沉船在短时间内的改变可能会比洞穴要更大。
8. **障碍物**
沉船较洞穴有较多复杂或易伤人的障碍物，例如缠人的缆线会绊住你、尖锐的金属会割伤你等等。洞穴则要注意落石、钟乳石等。
9. **水中推进器**
沉船的穿越距离比较好评估，但洞穴潜水搭配水推则要很小心，不要进了洞穴深处结果水推没电出洞，靠自己游回出口可能会有体力问题和携带气体不足的问题。
10. **CCR**
CCR 有可以减少气泡去破坏沉船或洞穴的结构和能见的好处，同时因为可以撑的时间比较长，当发生问题需要解决时，心理上的压力会比较小，因为你知道有更多时间可以解决问题。
此外，沉船潜水员 stage 不易，但如果有 CCR 的话可以减少挂的气瓶的数量或体积。洞穴潜水因为后勤比较复杂，有可能需要带着气瓶走路或是攀岩等等，如果用 CCR 在这方面就会有优势。