我觉得没什么特别的理由，单纯权力结构使然，然后生成原因跟理由不得不为之
宗教势力崛起造就的忠贞信徒这个人力，跟宗教寺庙受大名的庇护与自身势力的日渐庞大，
被附近大名指名被庇护被划进势力圈里
就算不是因为宗教，这种在内战时类型的被划进同势力的情况再世界上屡见不鲜

其实就把这些寺庙当成是一种地头就好 随着中央政府崩溃当地百姓当然是就近依附 管他是武士 寺庙还是其他东西

理由多了，本愿寺最早就自己有介入大名战争不是被迫的，的显如时代信长在近畿地区的冲突严重的威胁到当时总本山的石山的安危和利益而且本愿寺根本也不是什么需要被庇护的对象，细川、三好的战争本愿寺还是出来当打手的那个，只是后来打赢之后到处烧杀抢掠反被细川晴元攻打赶出京都

僧兵最早原本是寺庙为了保护自己的财产成立的但后面有军队就表示有力量一向宗甚至还主动挑起一向一揆

一般就异教徒太嚣张，像自称罗兴亚人的外国穆斯林赖在别人的土地上不肯走就被缅甸僧兵教做人了