Re: [闲聊] 这篇paper有点油
楼主: Nsquare (N^2) 2021-01-15 01:53:53
※ 引述《Keelungman (金坷拉是新世界的神)》之铭言：
: 这篇paper有点油，我都不看的peko
: https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg
: https://www.researchgate.net/publication/308271627_Application_of_Classical_Si
: mulations_for_Computation_of_Vibrational_Properties_of_Free_Molecules
此篇 Paper 是计算化学领域的文章，刊登在欧洲的期刊 PCCP 上
(physical chemistry chemical physics, 2016 Impact Factor: 4.123)
计算化学简而言之就是用电脑模拟的方式，来提供一些实验无法或不易观测到的物理性质
有时候也是节省成本、找出可能的最佳实验条件的方法，毕竟只需要计算资源和电费。
个人读paper习惯顺序为：标题－＞摘要－＞图－＞结论
我们一起用这个结构来看看这篇文章
标题：Application of Classical Simulations for Computation of Vibrational
Properties of Free Molecules
先做个简单的名词解释
Vibrational Property
振动性质，通常是在讲分子振动模式，举例来说分子吸收了特定波长红外线后会产生特定
的振动模式，大家最常用到的微波对于水分子加热也是如此（微波其实是让水分子转动）
Free Molecules
硬要翻译就是自由的分子，指不受到其他原子作用力影响的分子，
通常是在气态(gas phase)，李远哲院士的交叉分子束方法中的分子即为此状态，
可以微观精确地研究化学反应中的分子动力机制。
举例来说，一杯水的红外线光谱会是在很广的波长区间内有一大包讯号，
然而数个水分子的红外线光谱则是在很狭窄的区间内有一尖锐讯号，
如图：（图A:液态水vs五个水分子团）
继续读到 Abstract
他使用了"classical" molecular dynamics (MD) 和 Monte-Carlo (MC)
与之对照的是经过 quantum corrections 的 PI-MD, MD with QTB
好耶！太多名词了讲下去应该会没完没了，我们直接跳到图四吧！
==============================================================================
https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg
Christina 代表着 S=C=S 分子的中心碳(C)原子所在位置，而挥舞的双手代表着硫(S)原子
双手往上下挥动代表 bending vibration，
伸直出拳的方向则代表 stretching vibration，
是两种不同的振动模式
而在图中背景的位能面(potential energy surface)上紫色区域代表硫原子最适位置
即要给予足够的动能(振动)才能跨出位能面上的低点区域。
BP86 是 Density funtional theory (DFT, 1998年诺贝尔奖) 的函数之一，
6-31G 是 Basic set, 描述电子轨域的范围，
通常研究越多电子的原子要使用越大的Basic set
==============================================================================
回到 Abstract，其中讲到了经过量子效应修正后的古典计算方法就能有不错的表现
实际上看到 Table 4 也是如此，对比 MC vs MC+QA，发现 l(C-S) 和 l(S
: 这篇paper有点油，我都不看的peko
: https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg
: https://www.researchgate.net/publication/308271627_Application_of_Classical_Si
: mulations_for_Computation_of_Vibrational_Properties_of_Free_Molecules
此篇 Paper 是计算化学领域的文章，刊登在欧洲的期刊 PCCP 上
(physical chemistry chemical physics, 2016 Impact Factor: 4.123)
计算化学简而言之就是用电脑模拟的方式，来提供一些实验无法或不易观测到的物理性质
有时候也是节省成本、找出可能的最佳实验条件的方法，毕竟只需要计算资源和电费。
个人读paper习惯顺序为：标题－＞摘要－＞图－＞结论
我们一起用这个结构来看看这篇文章
标题：Application of Classical Simulations for Computation of Vibrational
Properties of Free Molecules
先做个简单的名词解释
Vibrational Property
振动性质，通常是在讲分子振动模式，举例来说分子吸收了特定波长红外线后会产生特定
的振动模式，大家最常用到的微波对于水分子加热也是如此（微波其实是让水分子转动）
Free Molecules
硬要翻译就是自由的分子，指不受到其他原子作用力影响的分子，
通常是在气态(gas phase)，李远哲院士的交叉分子束方法中的分子即为此状态，
可以微观精确地研究化学反应中的分子动力机制。
举例来说，一杯水的红外线光谱会是在很广的波长区间内有一大包讯号，
然而数个水分子的红外线光谱则是在很狭窄的区间内有一尖锐讯号，
如图：（图A:液态水vs五个水分子团）
继续读到 Abstract
他使用了"classical" molecular dynamics (MD) 和 Monte-Carlo (MC)
与之对照的是经过 quantum corrections 的 PI-MD, MD with QTB
好耶！太多名词了讲下去应该会没完没了，我们直接跳到图四吧！
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https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg
Christina 代表着 S=C=S 分子的中心碳(C)原子所在位置，而挥舞的双手代表着硫(S)原子
双手往上下挥动代表 bending vibration，
伸直出拳的方向则代表 stretching vibration，
是两种不同的振动模式
而在图中背景的位能面(potential energy surface)上紫色区域代表硫原子最适位置
即要给予足够的动能(振动)才能跨出位能面上的低点区域。
BP86 是 Density funtional theory (DFT, 1998年诺贝尔奖) 的函数之一，
6-31G 是 Basic set, 描述电子轨域的范围，
通常研究越多电子的原子要使用越大的Basic set
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回到 Abstract，其中讲到了经过量子效应修正后的古典计算方法就能有不错的表现
实际上看到 Table 4 也是如此，对比 MC vs MC+QA，发现 l(C-S) 和 l(S
作者: Ttei (T太) 2021-01-15 01:57:00
原来如此peko
作者: mameshibu (mameshibu) 2021-01-15 01:57:00
没错我也是这么认为的
作者: aaa5118 (小守护) 2021-01-15 01:58:00
你不要这么专业好不好
作者: qpb852qpb742 (Online) 2021-01-15 01:59:00
嗯 跟我想的差不多
作者: bobby4755 (苍郁之夜) 2021-01-15 02:00:00
虽然看不懂 但还蛮意外助手是有代表东西的 XD
作者: wadechen666 (世界最肥宅) 2021-01-15 02:02:00
恩 原来如此 我知道了peko
作者: fragmentwing (片翼碎梦) 2021-01-15 02:03:00
所以你觉得这篇有什么意义（听说评委很爱问这个）而且这篇结论被问这种问题的机率应该又高了不少
作者: arrenwu (键盘的战鬼) 2021-01-15 02:05:00
至少我知道计算化学是研究如何设计好的模拟系统来减少
作者: Bansar (Bansar) 2021-01-15 02:05:00
嗯嗯 跟我想的一样
作者: morichi (我把你们当人看) 2021-01-15 02:05:00
这份研究的贡献是什么peko
作者: qqq3892005 (ShinyaS) 2021-01-15 02:06:00
嗯嗯跟我想的一样
作者: morichi (我把你们当人看) 2021-01-15 02:06:00
我被问的问题4这样
作者: arrenwu (键盘的战鬼) 2021-01-15 02:07:00
贡献跟为什么重要其实算是同一个问题吧XD
作者: IllMOR (九六三七年五八月二一日) 2021-01-15 02:08:00
红明显，这张图是真的吗，怎么就直接登上去没被挡下来
作者: hong1310 (无奈的熊) 2021-01-15 02:08:00
说中文==
作者: arrenwu (键盘的战鬼) 2021-01-15 02:09:00
@I11MOR https://bit.ly/2MWoKeC 真的啊 连结在这
作者: IllMOR (九六三七年五八月二一日) 2021-01-15 02:09:00
然后就算是真的caption也应该要写清楚图代表什么意思?researchgate上面的pdf应该是别人上传的?出版社官网没学术IP不给下载QQ
作者: JOHN9814 (john9814) 2021-01-15 02:12:00
推peko
作者: morichi (我把你们当人看) 2021-01-15 02:12:00
差别就 强调成果和强调目的吧 老板满在意这个的Q.Q
作者: arrenwu (键盘的战鬼) 2021-01-15 02:12:00
我了解妳说的意思了。但我用Google Scholar 找到的也是连结到ResearchGate的那个
作者: fragmentwing (片翼碎梦) 2021-01-15 02:13:00
某个网站上有 但我想我没法在ptt上透漏是哪个网站虽然我支持那网站理念不过目前那好像也算盗版
作者: wadechen666 (世界最肥宅) 2021-01-15 02:13:00
s开头的那个？
作者: fragmentwing (片翼碎梦) 2021-01-15 02:14:00
我最多只能说 它和某知名成人网站名称很像恩恩
作者: abadjoke (asyourlife) 2021-01-15 02:14:00
我比较好奇他中间放的图reviewer问的时候他是怎么回的
作者: IllMOR (九六三七年五八月二一日) 2021-01-15 02:14:00
4-10不管这个吧@@"
作者: arrenwu (键盘的战鬼) 2021-01-15 02:15:00
回说是个 Cartoon Character就好了吧
作者: fragmentwing (片翼碎梦) 2021-01-15 02:15:00
好像也对 反正在八卦都能直接讲的样子
作者: webberfun (烧掉灵魂的人) 2021-01-15 02:20:00
作者: smart0eddie (smart0eddie) 2021-01-15 02:21:00
左转
作者: fragmentwing (片翼碎梦) 2021-01-15 02:26:00
疴 IllMOR大不会还在找那个网站吧 scihub
作者: r901700216 (LS) 2021-01-15 02:28:00
嗯嗯差不多就是这样讲得很不错嘛peko
作者: LeeJing (Jing) 2021-01-15 02:35:00
啥~小~啦~ 要不要吃~哈~蜜瓜
作者: klaynaruto (影分身K汤) 2021-01-15 02:35:00
某网站 有在读paper的应该多少都知道吧 公开的秘密
作者: arrenwu (键盘的战鬼) 2021-01-15 02:35:00
我之前的学校什么鸟但期刊都有买，所以不知道妳们在讲啥网站XDDD
作者: fragmentwing (片翼碎梦) 2021-01-15 02:37:00
那网站某种意义上比Google 还好用
作者: mayolane (mayolaneisyagami) 2021-01-15 02:38:00
幸好我大致上还看得懂，化学系没白念
作者: inte629l 2021-01-15 02:38:00
basis set是描述电子群波函数的数学基底吗? 我只知道光是氢原子就要用上奇奇怪怪的特殊函数了XD
作者: mayolane (mayolaneisyagami) 2021-01-15 02:40:00
氢原子是单电子系统所以没长那么奇怪啦
作者: IllMOR (九六三七年五八月二一日) 2021-01-15 02:41:00
F大，其实我知道这个网站啦，但他资源应该也是别人上传的?倒是researchgate显示那张图是来自作者本人...
作者: smart0eddie (smart0eddie) 2021-01-15 02:42:00
不一定 有些作者自己会公开
作者: fragmentwing (片翼碎梦) 2021-01-15 02:43:00
可能觉得原本的一片白很空吧
作者: lyt5566 (无糖奶茶很难喝) 2021-01-15 02:49:00
我来错版了吗peko
楼主: Nsquare (N^2) 2021-01-15 02:53:00
inte大，没错唷，和用来描述的函数以及函数数目有关
作者: AdomiZA (帕多麦特) 2021-01-15 03:01:00
总之这跟In silico从DB捞资料再喂算法爆开得解差不多
作者: AbukumaKai (ã‚ã¶ãã¾) 2021-01-15 03:03:00
原来如此我懂了peko
作者: GGINDOWBOW (吃肥肥装颓颓) 2021-01-15 03:09:00
是的 peko 我也是这么想的
作者: mmsw (mmsw) 2021-01-15 03:23:00
没看文章想问一下这篇是用 ab initio 算的吗
作者: Everforest (Yue) 2021-01-15 03:24:00
油油
作者: rainxo6p (雷恩) 2021-01-15 03:48:00
嗯这里是C洽没错 没有…迷路？
作者: smallkaka (人无一善以报天) 2021-01-15 04:39:00
姆咪
作者: aegis91086 (xo91086) 2021-01-15 05:00:00
感谢论文说明
作者: tsai1453 (tsai) 2021-01-15 05:42:00
可能从referee到editor都很油吧哈哈
作者: nalthax (书虫一枚) 2021-01-15 05:52:00
哈哈哈哈
作者: marktak (天祁) 2021-01-15 06:27:00
好的凶真 Magical divine starlight breaker.
作者: max410286 2021-01-15 06:31:00
恩 跟我想的差不多peko
作者: yeswecannot (唯有星爆 超越星爆) 2021-01-15 06:31:00
以后量子电脑出来 超强计算能力直接ab initio硬解现在还不是计算化学的黄金年代 定位有点尴尬
作者: arrenwu (键盘的战鬼) 2021-01-15 06:34:00
ab initio那作法确定用量子电脑做比较快了吗？
作者: nickely (皓) 2021-01-15 06:56:00
原来如此peko
作者: owlman (★~Born To Be Epic~★) 2021-01-15 07:20:00
我比较好奇用了角色要不要列在reference
作者: naya7415963 (稻草鱼) 2021-01-15 07:24:00
ptt是学术论坛(惊觉
作者: Alcatraz666 (lalalala) 2021-01-15 07:29:00
嗯嗯 跟我想的一样
作者: asderavo (asderavo) 2021-01-15 07:32:00
嗯嗯，那我是完全懂了peko
作者: felixden (cheny) 2021-01-15 08:05:00
看不懂啦
作者: ceaher (要相信自己) 2021-01-15 08:26:00
原来如此peko
作者: cities516 (安安路过) 2021-01-15 08:29:00
嗯 原来如此
作者: CorkiN (柯基) 2021-01-15 08:32:00
嗯嗯原来如此peko
作者: DMW9527 (Monzon) 2021-01-15 08:34:00
哦哦哦peko
作者: hduek153 (专业打酱油) 2021-01-15 08:39:00
跟我看的差不多peko
作者: wj12240522 (yeederdas) 2021-01-15 08:43:00
Sci-h.........
作者: bestteam (wombat是胖胖熊) 2021-01-15 08:50:00
李泽藩美术馆免费参观啊
作者: joewang85 (天才大人) 2021-01-15 09:05:00
原来是这样阿peko
作者: teachjinjin (媞嫬矶姬) 2021-01-15 09:19:00
助手我老婆
作者: miname (>.<) 2021-01-15 09:44:00
版权没问题啦，我不相信你各位论文用lena图的有playboy授权
作者: gungunit (NothingHeart) 2021-01-15 09:46:00
不用考试的数理总是看起来特别有趣
作者: JamesChen (James) 2021-01-15 09:52:00
这没有版权问题？那我以后也来用
作者: arrenwu (键盘的战鬼) 2021-01-15 09:54:00
我是觉得reviewer没要求他换个比较简单的图挺妙的
作者: AlianF (左手常驻模式) 2021-01-15 09:56:00
至少我会愿意读 我书报每天都是IR 频谱分析QQ
作者: qqqaz9527tw (PPLOL) 2021-01-15 09:59:00
恩我也是这样觉得
作者: SeijyaKijin (代时上克下的鬼邪天opeop) 2021-01-15 10:37:00
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没错啊 跟我想的差不多
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