这个照片很多colonies没在焦平面上
而且不知道你染色的方法是? 很多colonies旁边有一圈halo
你是用INT之类去染活细胞吗? 染色染太久了吗?
以前我算3D mammalian cell colonies in soft agar
是用DSLR缩光圈拍 这样整层soft agar的所有colonies都清楚
一般的gel camera光圈都太大 景深很浅 焦平面外的colonies模糊
千万别用显微镜拍 因为生物显微镜镜头景深太浅 working distance也不够远
就算是2X物镜 0.5X延伸筒接相机
加上高阶相机(full frame)也没有机会拍下整个6-well
电子业常见的inspection microscope可能是个好选择
或许dissecting microscope也可以 但相机(面积)要够大
而且低阶的dissecting microscope视野周边通常变形严重 你可以试试看啦
拍摄的彩图(灰阶照片亦可)汇到Iamge J去数
Image J的步骤是:
1. 圆形圈选工具手动圈选well范围
(离well边缘留下一点余地不选 因为well的阴影容易造成后续binnary误判)
2. 留下圈选的well 去除圈选范围外面的区域
3. Binnary工具将照片改成黑白 (black and white)
4. Watershed工具分离相邻的colonies
5. 用counting工具 自动计算colony数目 汇出colony number，size，及area %
(我会调整计算的colony大小范围 e.g. pixel^2 可以过滤染色噪声)
※ 引述《spongeJa (化学最帅)》之铭言：
: 如题，
: 最近被丢了两大叠加药后的细胞照片
: 想用Image J来自动计数细胞（比较有效率）
: 但附近的人都没有人会使用
: 有爬文看教程，但实际操作起来就是很怪
: 没办法像学长一个一个慢慢点出来的数量一样正确
: （他点900多，我用Image J跑出来600多）
: 不知道是不是因为没有用显微镜去拍照
: 导致画面不平整、细胞没办法完整呈现出来
: 拜托各位大神救援一下QQ
: （这是其中一盘的照片）
: https://i.imgur.com/ALF1krs.jpg
: 感谢！！