日本的部份有误，故仅就自己知道的与查到的进行回复。
※ 引述《WillWaiting (Creep)》之铭言：
: 先不要管棒协或中职谁好谁坏
: 我们先研究一下为什么日本,韩国跟美国在WBC跟棒协没有争议
: 日本
: 日本由NPB成立"侍Japan" (Samurai Japan)公司
: 股份由NPB及12队共同持有
: 由侍Japan公司全权处理所有大大小小国际赛事 包括女子棒球
: U-12,U15,U18到亚运东亚运,女子也有世界杯
: 所以只要是跟WBSC(以前叫IBAF)有关的比赛都由侍Japan负责
侍Japan公司成立于2014年11月7日，所以前三届WBC跟侍Japan公司一点关系都没有，
而且如果从第一届WBC就有在看的话，
应该会记得第一届WBC日本代表队，因为监督是王贞治，故日媒的称呼是“王Japan”，
第二届WBC时由原辰德担任监督，因原辰德认为自己并不是像前人般，
值得用自己的姓氏加上Japan的人，所以提出是否取专用名称来代表，
而NPB提出“サムライジャパン”，原辰德也接受此提案，并于2008年11月发表，
但这届的日媒称呼并未就此统一，仍有部份日媒以“原Japan”称之，
其他日媒有的用“サムライジャパン”，有的用“SAMURAI JAPAN”，
直到2012年才正式确定用“侍Japan”。
而回到组训议题上，日本从第一届WBC开始就是由NPB主导，
日本棒协（BFJ）没出面争取的原因可能是因为WBC并不是国际棒总主办的赛事，
所以不属于由NPB、日本棒协、日本垒球协会等三方于1994年成立的全日本野球会议
辖下的日本棒、垒球代表队派遣事业，
之后因为第三届WBC时，日本未能达成WBC三连霸，
加上NPB早在2010年时就想让日本棒球代表队常设化，与自行办理国际赛，
所以在2013年5月26号，由NPB与BFJ共同成立“野球日本代表行销委员会（JBMC）”，
之后在2014年2月10号改名为“野球日本代表管理委员会（JBMC）”，
后续才又衍生出成立“侍Japan公司”的事情。
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参考资料：
2006WBC日本代表队维基： https://goo.gl/kjSwRE
2009WBC日本代表队维基： https://goo.gl/wiQXN3
侍Japan公司概要： http://www.japan-baseball.jp/jp/summary/company/
JBMC概要： http://www.japan-baseball.jp/jp/summary/jbmc/
JBMC改名新闻： http://www.japan-baseball.jp/jp/news/press/20140210_2.html
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以上供大家参考。