先说结论：主要就是喷射气流的影响
喷射气流的特性基本是
1. 冬天比夏天强
2. 以北半球来说，夏天喷射气流在北方，冬天则会南移
3. 全年由西向东吹
4. 赤道附近全年都是几乎无风的
台湾到日本的区间整年喷射气流都满强的，冬天甚至会有接近200节的风速，
而且台日其实也不是往正南或正北飞，所以受喷射气流影响满大的，
以平均头风或尾风60节来算好了，飞东京大约是1300NM，
一般平均平飞的空速大约是.82马赫(不同机型不一样)，就算他470NM/HR好了，
台湾往日本飞是顺风，所以速度变470+60=530，1300/530=2.45，约需2:27
日本往台湾飞是逆风，所以速度变470-60=410，1300/410=3.17，约需3:10
当然这算的有点粗糙，因为没有细算起飞和降落阶段，
但就可以发现才60节的正头风就有这么大的影响。
而你提到来回没有时间差的部份，大多都是往赤道飞或穿过赤道，
所以受风的影响就不像飞欧洲、北美或日本这么大
希望以上有回答到你的问题