鱼居住的环境是在水里，水乃细菌的主要载体，
且在水中会有很多营养成分存在，
因此水中的细菌量比空气中的菌量多上很多。
但除了少数的绝对病原菌外，
大多造成鱼感染的细菌都是伺机性病原。
所谓伺机性病原指得是在鱼体状况良好时不会致病，
只有在环境恶劣或鱼的免疫力下降时才会造成疾病的细菌。
像是大家所熟知的烂尾、烂嘴、红斑病、立鳞、...等
都是伺机性感染造成。
伺机性感染的病原无所不在，
只要有水就会有这些伺机性感染的病原，
所以任何检疫方式都无法防止细菌感染的发生。
细菌的复制速度极快，每20分钟到1个小时就可以增加两倍，
在营养与空间充足的情况下一天就可以增加十亿倍，
所以在适当的环境下，
细菌感染有机会在短短的一天就夺走大量鱼只的性命。
但事实上细菌感染是否会发生取决于:
细菌本身、环境状况与鱼只免疫三大要素。
只有在这三个要素都符合时细菌感染才会真正的爆发，
成为我们观察到的细菌感染。
每种细菌都会有不同的致病能力，
在水中大多数的细菌致病能力都不算强。
只有少数的细菌发展出可以抵抗鱼只免疫的机制，
而更少的菌发展出了只能在鱼身上生存的生活型态。
不过有得必有失。
这些发展出抗鱼只免疫机制的细菌，
因为花费了太多的能量武装自己，
所以比起其他没有致病能力的细菌，
他们在环境中的复制速度还有适应能力会比环境菌还差。
这些致病菌只有在感染鱼体的时后才能够大量复制，
在一般的状况下也竞争不赢环境常在菌，
只能在环境中苟延残喘地活着。
而单一只病原菌是无法造成任何疾病的，
细菌必须要采取人海战术才能够突破鱼的免疫系统。
在细菌数不多的时候，
那些胆敢踏入鱼身体的细菌都会被免疫细胞全数杀灭，
只有在够大量的细菌进入鱼体时，
鱼才会真正的被感染然后发病。
所以细菌在感染发生前一定要先在某个地方大量复制，
这个地方有可能是某一只免疫不好生病的鱼，
也有可能是水族箱中某一个营养充足的地方。
这也是细菌疾病发展的起始。
不过在菌相稳定的水族箱中，
每一个地方的表面都已经布满了环境常在菌，
这些菌会快速的利用掉生物所产生的各种有机废物，
所以病原菌在进入这样一个环境时，
他既无法得到足够的养分，
也找不到适合生存的位置，这种情况下，
病原菌就只会成为弱势，无法大量复制，
自然也无法感染鱼体。
但是当水温或水质急速改变时，
不只是缸中的鱼会受到影响免疫力急速下降，
连水缸里的正常菌相也会急速改变，
那些无法适应水质变化的环境细菌会大量死亡，
死亡的菌会成为其他细菌的养分，
而存活下来的细菌就开始竞争那些死亡菌留下来的空间，
这时候病原菌就可能在水族箱中找到自己生存的一角，
而在这短短的时间中大量复制的病原菌
如果再找到一只免疫力没有那么好的鱼只，
那么感染就会发生。
接着这些细菌就会以这只倒楣的鱼为基地，
吸取鱼只的养分大量的复制。
这只倒楣的鱼就会开始从黏液、粪便
或尿液中大量释放出细菌，
这些被释放的细菌就会跑去感染其他鱼只，
最后导致整缸鱼都被感染。
另外水中如果有太多的营养物质，
也会让细菌可以在没有找到固定居所的时后
就在水中直接大量复制，
这也是导致细菌感染的其中一个原因，
像是过度的喂食饲料、
鱼只密度太高或是水草大量死亡，
也会造成细菌感染的发生。
总结来说稳定的水族箱内出现细菌感染一定是
新进鱼引入、鱼只免疫太差、水中营养物质太多
或水缸环境剧烈变化导致。
所以当鱼缸内有少数鱼只出现细菌感染现象时，
最好要把感染的鱼移出缸外独立照顾，
以免他释放出大量的细菌感染其他鱼只。
而受感染的鱼只随着时间逐渐增加
或是缸中大部分的鱼都被感染的话
就代表环境中有大量的致病菌存在，
水体或缸体也必须要消毒。
一般我们使用浸泡的方式给予抗生素
杀的只是水体中的细菌，
对于鱼体内的菌无可奈何。
感染鱼体内的细菌只能透过口服
或是注射抗生素的方式杀灭，
因此鱼的细菌感染在鱼还会吃的时候
治愈效果会高很多。
而平时就必须要尽量降低鱼的压力
而且确保缸中没有过多的污染源，
或是使用一些保健食品
像是:益生菌、维生素或蒜头
提高鱼的免疫力，
这样就算不幸发生细菌感染，
鱼只因为免疫力足够也能够自行恢复，
但必须注意的是如果这些保健食品使用过量
也是一种污染源，所以必须要小心使用。