公司在淘宝购买所需器材(公司自用，非转卖)
但淘宝是收人民币
付款方式可选 支付宝刷卡(扣美金) 或是 超商缴款(付台币)
但淘宝提供的付款凭证 只能是人民币发票
这样公司会计这边该怎么作帐呢?

就用人民币发票或订单啊。税上剔除就好

公司如因营业需要而依一般国际贸易习惯取得当地合法凭证，则可依所得税法及营利事业所得税查核准则规定，检据核实认定。