到作者的Github发问，得到解答了！！
https://goo.gl/xlxaEf
enable flash in preferences > security > plug-in settings >
adobe flash player and enable it for all
默认把Safari的Flash打开，全部交给Clicktoplugin负责处理即可。
※ 引述《Roy75117 (优酪乳)》之铭言：
: safari10有一项更新就是默认加载html5
: 但这项功能好像冲到clicktoplugin
: 导致现在clicktoplugin无法正常运作。
: youtube会无法播放影片，其他的就会变成用官方网站的html5播放器播放。
: 但clicktoplugin的html5播放器比较好用，也可以右键下载影片和send to airplay
: 顺便看了一下clicktoplugin，好像3.2已经是最后一版，不再更新的样子。
: 请问这样还有解吗？