给点建议试试看
当初2011~2012开始做NGS
主要的NCBI数据库应该是这个http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/
加上当时的三大家(Illumina/Roche/AppliedBioSystems)
Illumina GA系列来说 8个lot原始档案大概20G左右
Applied系列好像比较大(有到54G过)
两大类运算(Assembly/Alignment)要看使用的软件
bowtie或BWA算法我记得都满快的
velvet也都在一天之内可以完成爬虫类的Assembly
不过都是在Linux Server上完成的
(如果允许的话可以先做POC测试)
SAS则是现在工作上有POC过
不过也是在RHEL系统上使用
原始资料有上T
加上SAS的资料处理方法是建构在所谓的PDV
大型资料想要快一定要改IO啦
Mac上跑的话也许要注意一下
BTW
可以问一下研究项目Data Science是哪个研究所呀
方便的话站内信
很缺这个领域的人
谢谢
※ 引述《Neisseria (Neisseria)》之铭言：
: 想要分析资料的话，倒不必在笔电上打转
: 跟教授谈谈看，能否在 server 上跑需要的分析
: 像我认识的同学，有人用 SAS 分析健保数据库百万人抽样档
: 原始资料就 200 多 GB 了，加上一些 SAS 的 table 哩哩扣扣
: 总共快要 1 TB 的资料量，基本上都是在外接硬盘里面做
: 我自己在分析次世代分析的资料，资料量大概约 400 GB 左右
: 然后其中某一个指令，跑完一轮需要一周左右的时间
: 我是用自己的 Linux 工作站，不关机跑这些指令
: 笔电的特性应该不太能长时间不关机跑运算
: 我反而觉得，把 MBA 当成单纯的 client
: 连到更能长时间运作的主机，或许是更好的选择
: ※ 引述《strp (GlRoEvEeN)》之铭言：
: : 不好意思 我又来向各位请教了..
: : 这几个礼拜找教授、找房、加上一些杂七杂八的事
: : 直到这两天才有时间闲下来在意未来将购入的笔电
: : 本来已经很确定要购入MBPR 8G 256G了..
: : 但刚刚好死不死被我翻到MBPR萤幕镀膜脱落的讨论串
: : 因为小弟我是个相当龟毛的人..对这种事相当在意
: : 看到不管是讨论串还是版上的MBPR都普遍存在这个问题
: : 再加上好像在台湾没有直营店，导致苹果对此事置之不理
: : 让小弟对本来已经想好的决定有所却步..
: : 不如说完全消火了...苹果在搞什么？
: : 心想..既然是47k的预算
: : 干脆买MBA 8G 256GB，然后把CPU升到i7
: : 因为研究所是需要跑一些统计软件的
: : 实在很怕时脉1.6的核心会无法应付
: : 当时想说既然都是47k加几百块就可以上MBPR就上去吧
: : 但Retina萤幕带给我的欢乐 完全压不过镀膜脱落带来的冲击
: : 想请问版上升级i7后是否在效能上有显著提升？
: : 最主要的症结点就是怕在执行软件的过程太操
: : 软件是R跟SAS，会灌双系统，之后会自学Swift
: : 研究项目是Data Science，要跑的数据量恐怕会相当庞大..
: : 还请版友们抽空回复，感谢。