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《Orphan Black：黑色孤儿》经历了第一季充满迷雾与悬疑的探索后，第二季的主轴是两大组织的对决与克隆姐妹们逐渐深厚的家庭感情，内心戏分加重，而惊悚感较第一季少，同样在结局时留下了下一季的爆点。
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第一季结局中女儿Kira与S夫人Siobhan同时失踪，Sarah无助地盲目奔跑，遇上了前来抓人的Prolethians，揭开了与宗教狂热组织的正式对决。俘虏Sarah失败后，Prolethians抓回了曾经逃跑的Helena，为的是她与Sarah同样拥有的生育能力，在普罗主义下，教会主导人Henrik希望重现上帝造人的过程。利用Henrik自己的精子与Helena的卵子结合后，放入教会中年轻女孩的身体怀胎，建造一个完全属于“自己”的家庭。
拍摄普罗教会时的场景与色调都呈现一种诡异的阴暗感，加上Henrik慈善却不怀好意的笑容，将狂热的异教世界营造得相当好，可惜最终没有更多延伸的剧情，例如这个教会从何而来？终极目标是什么？这些与神话相关可以发挥的题材，例如Helena背上的天使意涵等，在第二季结局就结束了，剧情将专心着重于发起“Project Leda”的军方组织。
Sarah找回Kira并离开了Siobhan后，一面躲避DYAD的追缉时，一面与Art调查“Project Leda”的线索，从Helena与Beth留下的资料找到一切计画的发起人Duncan教授，而他居然正受到Siobhan的看护！追根究底Siobhan一开始就知道“Project Leda”的存在，但为了保护Kira与Sarah一直假装没有这件事，并暗自清掉了渗透Siobhan组织的Prolethians。Sarah此时已经不知道该相信谁，但Cosima的病重，让她不得不妥协令Kira加入DYAD的研究，以救Cosima一命。
为了除掉Dr.Leekie的追杀，Sarah故意令Siobhan向Rachel Duncan透露她父母的身世，抱括父亲依然健在，而母亲是被Dr.Leekie所杀，让Rachel对Leekie下达最后通牒，此时Leekie在第一季中神秘人物的气势完全消失，成了手足无措只能逃跑的老人，最后竟意外死在发现真相的Donnie枪下，这段实在有种黑色幽默的喜感。
要除掉Leekie时，Rachel联手了另一名似乎更高阶的人物Dr.Marian，她在前面的段落其实也有和Leekie会面合作过，她捉模不定的立场令人难以了解。Rachel与Dr.Marian的关系是？又为何Dr.Marian与Rachel合作后，反过来协助Sarah阻止Rachel？从结局Paul与Dr.Marian的关系来看，应该是Dr.Marian要求以Helena作为交换条件，她协助Sarah与Kira逃脱，但是Helena必须成为研究对象。而Paul代表着她与Siobhan进行协商，Siobhan为了Kira不得不瞒着Sarah牺牲了Helena。
Paul最终其实是Castor计画的军方参与者，不受到瑞秋控制，自行活动，目前的线索还非常片段让人不清楚他的角色到底涉入多深？如果他从头就知道复制人计划，会显得前面有关他的剧情很奇怪，另一种可能是返回军中才加入Castor计画。最后留下的疑问是，Dr.Marian的宅邸关着一个Castor复制人，以及Sarah的胚胎培养妹妹，那么Dr.Marian扮演什么样的角色？
影集在后半段角色之间立场变化快，线索暗示也常一闪而过，需要颇为专心观赏才会知道目前谁站在谁那一方。Siobhan提到的Leda与Castor神话是希腊神话的宙斯情史，宙斯藉著爱神维纳斯的力量化做天鹅，亲近了美貌的Leda斯巴达皇后，并发生关系。生下了两颗蛋，一颗蛋里面是Castor & Klytaemnestra，另一颗则生出宙斯之子Polydeuces & Helen，共两对双胞胎。神话中的Helen后来导致了特洛伊战争，和影集中Helena总是成为各方势力冲突导火线有着影射意味。
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