主角在关闭“时光机”后，出现了一群神秘人
他们驱使著特殊的黑暗太晶化入侵帕底亚
https://i.imgur.com/uVL0aLl.jpg
黑暗太晶化后的宝可梦不但有原本太晶化的特性
跟他战斗时能力值会被压制为自己的等级-10
且无法计入努力值、个体值
而主角打到最后，发现也慈才是真正的幕后黑手
原来神秘人来自另一个黑暗时空
过去想入侵帕底亚
但阴错阳差的被博士发明的时光机干扰时空
只有也慈是唯一穿越成功的第一位神秘人
而时光机的内部也有特殊力量能让她无法接近
因此她伪装自己，并且利用联盟培育主角们
最后成功让神秘人大举入侵
而主角们唯一的希望
就是找出朱/紫的另一位博士(朱找男、紫找女)
提取时光机的力量重新干扰黑暗时空
并打倒也慈

第三神呢?

叫旅法师来处理