在神奇宝贝的动画中，对于神奇宝贝的死亡大都只是略为带过
不过在剧场版或游戏中都有相关的剧情
如果只看动画剧情的话，关于神奇宝贝死亡的剧情确实是不常见
要举较为具体的例子的话，在初代动画第89集“粉红色神奇宝贝之岛”中
有关于神奇宝贝死亡的剧情内容
这集是橘子诸岛的剧情，故事是说小智一行人漂流到一个叫平柑岛的小岛
岛上的神奇宝贝因为吃了一种粉红色的果实，身体全变成粉红色
小智后来联络大木博士跟他说在岛上看到的事
大木博士表示：“不过要是让世界知道那里有罕见的神奇宝贝存在，
很可能会把那些邪恶的盗猎者引到那里去，不是把平柑岛神奇宝贝拿来向人炫耀，
就是因为不知道怎么饲养，最后害得他们生病死去。”
这时候出现一只小拉达死在笼子里的想像画面
而从大木博士的谈话中可以得知，错误的饲养方式会导致神奇宝贝生病死亡
这也是动画中少数对神奇宝贝的死亡有较为具体的描述
而到最新一集的日月第21集中
用了一集的时间叙述了长毛狗生前的最后一刻
这在神奇宝贝的动画剧情中确实是前所未见
虽然动画没有非常明确交代长毛狗最后去了那里
不过从库库伊博士说了一句：“别说了。”就知道长毛狗最后的结局

推这集从前面长毛狗最后一次传授绝招给火斑喵到事后火斑喵还有其他旁观者的反应都很有感

吃掉

三杯

印象有看过神奇宝贝老死，训练家很伤心的桥段

富士老人那里有提到吧？

除了小智的脸都不错（

这集感人爆 再配上喵喵的歌 呜呜呜

SM除了小智障的脸以外全部都超赞

想到死 就想到紫苑镇

其实都是参考现实动物吧，我记得有些动物快死了，为了怕主人难过会自己离开

水都的守护神里拉帝欧斯就死掉了

骚蕾娜的感情线也死掉了

代欧表示 我只是打破窗户 就被空哥打爆 0.0

鬼手:

幽灵系：？

洛托姆不读空气的问博士跟本身是电幽属性的论点还满有趣的