我觉得很多人在讨论这问题都代入了上帝视角，
以多数作品的常用的设定来假设一下穿越。
假设你穿越了，
你本身是穿越的证据，但你却无法解释，
你所熟悉的科学也无法解释你的穿越，
你也没办法向穿越后的认识的人解释你是穿越者，
你本身的知识理论让你无法大胆假设穿越，
你不断找寻其他穿越证据，发现你是唯一的穿越者，
你想实验穿越却不知道怎么实验。
你发现这世界有超自然力量，也知道这世界有神，
你学习超自然力量想找出穿越之由，
一段时间后，你本身的超自然力量超越了这世界的神，
你是这世界最强大的存在，拥有永恒的生命，
但你仍旧无法解释你的穿越，
你无法假设，无法求证，无法检验，
你唯一知道的只有某个未知力量让你穿越到这个世界，
当你觉得活累想安息之时，告诉别人你是穿越者，
人家却用罗素的茶壶反驳你，
你突然回光返照，愤恨地怒骂让你穿越的未知力量，
但没有任何动静，你只能哭泣的低喃“我想回家。”，
最后安息。
但是安息后的你又变成了灵魂，
发现你没有回家，还是在穿越后的世界，
你愤怒了，愤怒到只想消灭眼前的一切，
你走上了灭世的路途，你是多元宇宙最强大的死灵君王，
萨格拉斯的燃烧军团对你根本不值一提，
在你即将灭世的时候，你发现多元宇宙的土著勇者突然变强大，
你以为那是让你穿越的未知力量显现，
但是不是，那是土著勇者的最后挣扎，
你绝望了，你一动不动，任由土著勇者将你肢解，将你封印在多元宇宙各地，
在封印即将完成之时，你哭泣的低喃“我想回家。”，
最后你被封印了，你不想反抗，不想思考，什么都不想，只想回家，
在经历多元宇宙无数毁灭与重生的时间下，
曾经多元宇宙最强大的神灵、灭世的死灵君王，
拥有无数赞美与诅咒称号的你，成了一块不会思考的，
石头。
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好了，搞笑完了，来最后总结一下，
其实这串讨论个人觉得是逻辑问题>科学问题，
试想你是上面搞笑故事的主角，
对于那让你穿越的未知力量，
你还会保持无神论吗？
我想至少也会变成不可知论吧，
当然有些作品会去解释穿越，但毕竟是极少数，
多数都是草草带过，就像上面的搞笑故事，
个人觉得这样主角还能坚定的保持无神论，
是非常奇怪的事。